Félag atvinnurekenda hefur beitt sér í miklum mæli fyrir hagsmunum félagsmanna í tollamálum. Felst sú vinna aðallega í samskiptum við tollyfirvöld sem og fyrirsvar í kærumálum. FA hefur einnig rekið mál fyrir hönd félagsmanna fyrir dómstólum landsins.